Южная территориальная организация Российского профсоюза моряков объединяет в своем составе следующие первичные профсоюзные организации:

1. Новороссийская первичная профсоюзная организация Российского профессионального союза моряков «Морское Единство» - НППО РПСМ «Морское Единство»
2. Первичная профсоюзная организация ПАО «Новошип» Российского профессионального союза моряков – ППО ПАО «Новошип» РПСМ
3. Ейская городская территориальная организация Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков – ЕГТО ЮТО РПСМ
4. Первичная профсоюзная организация ООО «Аншип» Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков – ППО ООО «Аншип» ЮТО ПРСМ
5. Таманская первичная профсоюзная организация Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков – Таманская ППО ЮТО РПСМ
6. Первичная профсоюзная организация ООО «Топаз Астрахань» Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков – ППО ООО «Топаз Астрахань» ЮТО РПСМ