Южная территориальная организация Российского профсоюза моряков объединяет в своем составе следующие первичные профсоюзные организации:

1. Первичная профсоюзная организация компании «Новошип ЮК» Российского профессионального союза моряков
2. Первичная профсоюзная организация ОАО «Новошип» Российского профессионального союза моряков
3. Первичная профсоюзная организация Новороссийской инспекции – филиала федерального государственного учреждения «Российский морской регистр судоходства» Российского профессионального союза моряков
4. Первичная профсоюзная организация компании «Транспетро» Российского профессионального союза моряков
5. Ейская городская территориальная организация Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков
6. Таманская первичная профсоюзная организация Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков
7. Первичная профсоюзная организация  ООО «Аншип» Южной территориальной организации Российского профессионального союза моряков.