Николай Яковлевич Попов родился 11 мая 1954 года в г. Лабинск Краснодарского края. В 1973 году окончил судоводительский факультет Астраханского мореходного училища. С 1974 по 1980 гг. работал на судах «Каспнефтегазфлота», где прошел путь от третьего помощника до капитана.
Переехав в Новороссийск, Николай Яковлевич поступил в НВИМУ на судоводительский факультет и успешно окончил его в 1985 году. Параллельно работал сменным капитаном-механиком на судах портового флота. Затем начал строить карьеру на танкерах Новороссийского морского пароходства «Дружба», «Липецк», где заработал репутацию трудолюбивого, грамотного специалиста, инициативного и культурного сотрудника, уважительно относящегося к коллегам.
На флоте Николай Попов начал заниматься и общественной работой. Он неоднократно избирался членом профсоюзного комитета плавсостава пароходства и стоял у истоков зарождения независимого профсоюзного движения в постперестроечной России. «Первой ласточкой» стала забастовка экипажа танкера «Новороссийск», организованная инициативными членами профкома, связанная с выплатой морякам инвалюты взамен суточных по международным ставкам ITF.
С 1993 года Николай Яковлевич с головой ушел в профсоюзную деятельность. Работая инструктором профкома плавсостава Новороссийского морского пароходства, он сумел заслужить доверие моряков и быстро завоевал репутацию лидера. Уже на ближайшей отчетно-выборной конференции Попов был избран председателем профкома, а еще через 2 года стал заместителем председателя созданного Межрегионального профсоюза работников морского транспорта (МПРМТ) Новой России. На этой должности он продолжал работу над расширением социальных гарантий для российских моряков и обеспечением их безопасными рабочими местами, которые оплачивались в соответствии с международными нормами.
В 2003 году в Новороссийске прошла объединительная конференция профсоюза Новой России и Российского профсоюза моряков (РПСМ). В результате была образована Южная территориальная организация (ЮТО), которая вошла в состав РПСМ. И снова моряки проголосовали за Николая Попова, доверив ему руководить вновь созданной организацией. До сих пор под его началом ЮТО РПСМ остается одним из крупнейших и влиятельных территориальных отделений профсоюза.